iPhoneを繋いだときのアプリケーション管理画面の不具合です。
また、微妙に表示が替わっている事もよく見ると解ります。
何が問題で、どう替わったか解りますでしょうか。
[ iTunes 9.0.3 ]

[ iTunes 9.1 ]

まず不具合から
9.0.3の時は、ホーム画面の右に表示されているAppページのサムネイルが切れていますが画面を左右に移動するスクロールバーが画面下に表示されておらず見る事ができません。
ウィンドウをこれ以上広げる事もできないので見る事ができないのです。
センターホイールがちゃんと動けば上下にはスクロールできたかもしれませんが。 ver.9.1では、それが解消されました。
細かい変更点は、
[ アプリケーション ]タブが[ アプリ ]に変更。
アプリケーションリストの表示切り替えが、左右に並べられたボタンからプルダウンメニューに変更。
この他にもあるかもしれませんが、スクリーンショットを撮っていなかったので不明。
まぁ、不具合の件は人によっては起きていないかもしれませんが、同じ症状が出ている人は、ver.9.1にアップデートすると解消するかもしれません。